Manuel Alegre de Melo Duarte nasceu a 12 de maio de 1936, em Águeda. Nesta cidade faz a instrução primária, concluindo, posteriormente, no Porto os estudos secundários. Enquanto estudante liceal, no Alexandre Herculano, fundou, com José Augusto Seabra o jornal Prelúdio.
Mais tarde foi estudar para a Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra, onde, com outros estudantes universitários, criou o CITAC – Centro de Iniciação Teatral da Academia de Coimbra – e integrou o TEUC – Teatro de Estudantes da Universidade de Coimbra.
Nesta cidade foi ainda atleta internacional de natação, representando a Associação Académica. No mesmo período desempenhou várias funções extraescolares: diretor do jornal académico A Briosa; membro da redação da revista Vértice; colaborador da Via Latina. E firmou-se como um dos mais destacados dirigentes do movimento estudantil da academia coimbrã.
Mobilizado em 1962 para Angola como oficial miliciano, foi preso pela polícia política por não querer participar na guerra colonial. Depois de em 1963 regressar a Coimbra, sob o regime de residência fixa, conseguiu, no ano seguinte, desertar para França, fixando-se pouco tempo depois em Argel.
No exílio prolongado por 10 anos, Manuel Alegre teve uma importante intervenção política. As suas obras literárias bebem desta influência, tendo-se revelado como importantes bandeiras de resistência contra o regime tirânico de Salazar. Muitas foram musicadas e cantadas por autores como Zeca Afonso ou Adriano Correia de Oliveira.
Em 1999, foi-lhe atribuído o prémio Pessoa.
A obra literária de Manuel Alegre tem sido objeto de estudos e teses de doutoramento e mestrado. Na Universidade de Pádua foi criada uma Cátedra com o seu nome, que tem o objetivo de difundir a língua portuguesa em termos culturais. A cátedra foi inaugurada pelo próprio em 19 de abril de 2010.